Экологические платежи, начисленные Дальневосточной железной дороге за загрязнение окружающей среды в 2007 году, сократились по сравнению с 2006 годом на 18,5%. 

Существенно уменьшились выбросы вредных веществ в атмосферу от стационарных объектов дороги, снизился сброс загрязненных сточных вод. Использование воды по дороге снижено на 259 тыс. кубических метров. Это достигнуто за счет повышения эффективности сжигания топлива, улучшения качества очистки производственных сточных вод на очистных сооружениях, вовлечения отходов в хозяйственный оборот в качестве источников сырья и вторичных материалов.

Сегодня наиболее острой является проблема загрязнения территорий предприятий отходами  нефтепродуктов. Для решения этой проблемы внедрены технологии по применению извести, сорбентов и биосорбентов. Для обезвреживания ветоши, опилок, бумажных фильтров и других твердых отходов, загрязнённых маслами и нефтепродуктами, приобретены и внедрены на предприятиях дороги 18 установок для утилизации отходов «Форсаж-1» и «Факел».

В 2007 году для более полного производственного экологического контроля на дороге введены в эксплуатацию три передвижные экологические лаборатории на базе автомобиля «Газель», приступил к работе дорожный экологический вагон–лаборатория.